Cikal bakal Desa Bendungan bermula dari sebuah padukuhan yang dikenal dengan nama Budulan. Pada masa itu, padukuhan dipimpin oleh seorang tokoh yang bernama Ki Buyut Lanjam. Kehidupan masyarakat Budulan pada awalnya belum berlangsung dengan aman karena wilayah tersebut sering menjadi sasaran perampokan yang dilakukan oleh kelompok dari padukuhan lain. Kondisi tersebut membuat masyarakat hidup dalam ketidaknyamanan dan selalu dihantui rasa khawatir.

Melihat keadaan yang terus berlanjut, masyarakat kemudian bermusyawarah untuk mencari tempat yang lebih aman sebagai permukiman baru. Keputusan tersebut menjadi titik awal perjalanan panjang yang kemudian melahirkan Desa Bendungan seperti yang dikenal sekarang.

Setelah memutuskan meninggalkan Padukuhan Budulan, masyarakat berpindah menuju sebuah kawasan rawa-rawa yang telah dibendung dan dikenal dengan nama Tambak Ageng. Kawasan tersebut dipilih karena dinilai lebih aman sekaligus memiliki potensi yang baik untuk dijadikan tempat tinggal dan sumber penghidupan masyarakat.

Dalam proses perpindahan tersebut, masyarakat terbagi menjadi tiga kelompok. Kelompok pertama memilih menghidupkan dan mengelola kawasan rawa agar dapat dimanfaatkan sebagai sumber kehidupan. Kelompok kedua menetap di wilayah Tambak Ageng yang telah memiliki tanggul atau bendungan. Sementara itu, kelompok ketiga memilih tinggal di kawasan yang masih dipenuhi pepohonan.

Perpindahan menuju Tambak Ageng menjadi salah satu peristiwa penting dalam sejarah Desa Bendungan karena menjadi awal terbentuknya permukiman baru yang kemudian terus berkembang menjadi sebuah desa.

Sekitar abad ke-14, wilayah Tambak Ageng mulai mengalami perkembangan dalam kehidupan keagamaan dengan masuknya ajaran Islam. Pada masa itu datang empat orang santri dari Jawa Tengah yang sebelumnya menuntut ilmu di sebuah pondok pesantren di Cirebon. Setelah menyelesaikan pendidikannya, mereka diutus oleh guru mereka untuk menyebarkan agama Islam kepada masyarakat di kawasan Tambak Ageng.

Keempat tokoh tersebut adalah:

1. Ki Geden Langgen
2. Ki Geden Pengalapan
3. Syech Angyang Arsita
4. Ki Buyut Kedor

Kehadiran mereka memberikan pengaruh besar terhadap kehidupan masyarakat, khususnya dalam memperkenalkan dan mengembangkan ajaran Islam. Setelah wafat, keempat tokoh tersebut dimakamkan di kawasan yang hingga kini dikenal sebagai Blok Kedor dan Blok Sumur Lumer. Keberadaan makam tersebut menjadi bagian dari jejak sejarah sekaligus warisan budaya yang masih dihormati oleh masyarakat Desa Bendungan.

Sepeninggal keempat tokoh penyebar agama Islam tersebut, kepemimpinan Padukuhan Budulan diteruskan oleh Ki Teges. Setelah masa kepemimpinannya berakhir, kepemimpinan kemudian dilanjutkan oleh Salkiyah.

Pada masa kepemimpinan Salkiyah terjadi perubahan penting dalam sejarah desa, yaitu pergantian nama dari Padukuhan Budulan menjadi Padukuhan Bendungan. Nama tersebut diambil dari kawasan Tambak Ageng yang menjadi tempat bermukim masyarakat.

Kata tambak memiliki arti tanggul atau bendung, sedangkan ageng berarti besar. Seiring berjalannya waktu, penyebutan kawasan tersebut berkembang menjadi nama Bendungan, yang kemudian digunakan sebagai nama resmi desa hingga sekarang.

Desa Bendungan diperkirakan telah terbentuk sejak sekitar tahun 1600, dan sejak saat itu terus mengalami perkembangan dalam berbagai aspek kehidupan masyarakat maupun pemerintahan desa.

Sejak terbentuknya Desa Bendungan, pemerintahan desa terus berjalan melalui pergantian kepemimpinan dari masa ke masa. Setiap kuwu memiliki peran dalam melanjutkan pembangunan desa sesuai dengan kebutuhan masyarakat pada zamannya.

Berbagai pembangunan yang pernah dilaksanakan menjadi bagian penting dalam sejarah perkembangan desa, di antaranya pengeboran sumur sebagai penyedia sumber air bersih, pembangunan masjid desa, pembangunan kantor desa, lumbung padi, madrasah, pembangunan jalan desa, saluran irigasi, jalan lingkungan, jalan usaha tani, hingga berbagai fasilitas umum lainnya yang menunjang aktivitas masyarakat.

Perjalanan pembangunan tersebut menunjukkan bahwa Desa Bendungan terus berkembang mengikuti kebutuhan masyarakat tanpa meninggalkan nilai-nilai kebersamaan yang telah diwariskan oleh para pendahulu.

Memasuki masa sekarang, Desa Bendungan terus tumbuh sebagai salah satu desa di Kecamatan Pangenan, Kabupaten Cirebon. Letaknya yang berada di kawasan pesisir menjadikan masyarakat memiliki hubungan yang erat dengan sektor pertanian dan tambak garam yang menjadi bagian penting dalam kehidupan sehari-hari.

Selain berkembang dari sisi pembangunan fisik, masyarakat Desa Bendungan juga tetap menjaga nilai-nilai gotong royong, kebersamaan, dan kehidupan bermasyarakat yang telah menjadi ciri khas sejak dahulu. Semangat tersebut menjadi modal penting dalam mewujudkan pembangunan desa yang berkelanjutan.

Berbekal sejarah yang panjang serta kekayaan potensi yang dimiliki, Desa Bendungan terus berupaya melangkah menuju desa yang lebih maju, mandiri, adil, dan sejahtera, tanpa melupakan sejarah serta warisan para pendahulu yang telah menjadi bagian dari identitas desa.